Quale tipo di calcolo usa il COi Tool di CLC-Italia.it?

Cari Utenti,

finalmente il nostro portale sarà dotato del COI Tool. Esso non è solo uno strumento per la simulazione degli accoppiamenti, ma è già da qualche giorno il cuore pulsante, il motore del Database. Nei giorni scorsi ha ricalcolato tutti i coefficienti dei cani presenti e aggiornato i dati presenti nel report. Il calcolo del Coefficiente di Consanguineità secondo il metodo di Wright (metodo del tracciare le vie) è in termini di formula e postulato molto semplice, ma in termini pratici può raggiungere livelli molto complessi, e in alcuni si presta a diversi tipi di interpretazione.

Innanzi tutto ci sono due formule anche se molto simili. La prima è data dalla sommatoria del coefficiente di 0,5 alla potenza uguale al numero di vie che collegano un antenato comune al presente nel ramo materno e nel ramo paterno. Per ogni antenato comune si sommano tutte le vie, e poi si sommano tutti gli antenati. La seconda è esattamente come la prima, ma tiene conto della eventuale consanguineità dell’antenato comune. Ad esempio se un antenato comune è consanguineo per il 10% (0,1% in termini matematici di calcolo) il valore delle vie di quell’antenato viene moltiplicato per un coefficiente pari a 1+Fa, in cui Fa è appunto il coefficiente dell’antenato e quindi il coefficiente della via deve essere moltiplicato per 1,1 (1+0,1). Nel COI Tool viene applicata la formula comprensiva del coefficiente Fa in quanto è più completa e il fatto di considerare se un antenato comune è più o meno consanguineo ha una valenza pratica data anche dai riscontri empirici delle pratiche di allevamento. Il calcolo diventa soggetto ad una certa interpretabilità quando forniamo un dato range di generazioni per il calcolo. Se calcoliamo il COI in senso assoluto, ovverosia prendendo in esame tutte le generazioni disponibili, esiste un solo risultato possibile.  Se ad esempio se volesse calcolare un COI alla 5° generazione, e troviamo un cane che si trova allo stesso tempo in quinta e più volte sesta, settima generazione, come dovremmo calcolare il suo contributo?

Esiste il calcolo puro, secondo il quale se un antenato compare una sola volta in 5° generazione, non contribuisce al COI, sebbene nelle generazioni immediatamente successive (6°, 7°) sia presente numerose volte. Questo tipo di calcolo ha un valore puramente accademico, ma in termini pratici lo ritengo poco valido perché non conta il back ground di consanguineità che spesso si trova dietro alle prime generazioni e che può essere molto influente, in special modo nella nostra razza.

Esiste poi il calcolo assoluto, nel quale se un antenato compare entro il range richiesto, in questo caso la 5° generazione, viene calcolata la sua presenza in tutto il pedigree del cane fino anche alla 10° generazione, tracciando tutte le vie possibili, tra tutte le posizioni in cui è presente l’antenato (ad esempio: 5°-7°, 6°-6°, 5°-8°, 7°-7°). Questo calcolo è molto preciso, ma quando esiste un effetto fondatore che si protrae per molte generazioni si rischia di avere dei coefficienti molto alti, ma privi di significato reale. Proprio il caso del Cane Lupo Cecoslovacco con il suo fondatore Rep. In simulazioni con questo metodo, soprattutto simulazioni tra cani di linea ceca (che presentano Rep dalla 7° alla 10° generazione) e cani di linea slovacca (che presentano Rep anche dalla 4° generazione), si riscontrano un numero di vie su Rep decisamente alto che davano come risultati dei COI veramente alti anche su cani con nessun antenato in comune prima della 4° generazione. Cani che nella realtà infatti non hanno grandi capacità di trasmettere, cosa che ci indica una omozigosi bassa e che quindi il calcolo assoluto ci consegna un coefficiente sovrastimato.

Tra questi due estremi che in genere si riscontrano solo in campo accademico, i vari software e piattaforme on-line usano diversi settaggi che variano generalmente poco uno dall’altro. Avendo dovuto scrivere da zero lo script (la funzione informatica) del Tool abbiamo valutato quale fosse il modo migliore di calcolare il COI, anche in rapporto alle peculiarità genealogiche della nostra razza.

Prima di avere a disposizione il Tool i coefficienti del nostro database erano calcolati a partire da due piattaforme, una web parzialmente collegata al database di Wolfdog, e un software di reperibilità commerciale che personalmente utilizzo da anni con un database a posta da me creato. Nel valutare quale dei due calcoli fosse il migliore ho riscontrato un grave errore (insieme ad altri minori) nel calcolatore on-line, in quanto nelle consanguineità su Rep calcola anche le vie di Xavan che è suo padre e nonno. Vie che per basilare definizione del metodo di Wright (Robinson, Genetics for Dogs Breeders, 1991) devono essere considerate invalide in quanto presentano due volte lo stesso soggetto Rep invece di una, appunto perché la consanguineità va calcolata su Rep e mai su Xavan quando compare come suo padre e nonno. Questo porta dei surplus dei coefficienti, specie nei cani slovacchi, anche di 5-6 punti.

Alla luce di questo ho deciso di abbandonare come riferimento i risultati di quella piattaforma e di basarmi su quelli del software, decidendo questo criterio per il calcolo delle vie che stanno a cavallo tra la 5° generazione e quelle precedenti: ho deciso di tenere valide per il calcolo tutte le vie che hanno almeno un estremo entro la quinta generazione, e come limite massimo la 7° generazione. Quindi se un antenato appare una sola volta in 5° generazione, ma diverse volte in 6°, 7°, e oltre, nel calcolo vengo prese tutte le vie che collegano la 5° generazione fino alla 7° (5°-6°, 5°-7°) ed escludere tutte le vie dello stesso antenato che però non hanno nessun estremo entro il range di calcolo richiesto, quindi le vie tipo 6°-6°, 6°-7°, 7°-7°.

In questo modo si ottengono dei coefficienti in linea con i migliori software commerciali, ma soprattutto con quelli che sono secondo me i reali livelli di consanguineità soprattutto per quanto concerne l’effetto fondatore di Rep quando si affaccia sulla 5° generazione.

Alessio Camatta

Articolo inserito il 11/07/2014